Bár a mikrobiom körüli tudomány még fejlődés alatt áll, és még a kutatók sem ismerték fel teljesen erejét, azt már ma is tudjuk, hogy a mikrobiom a következő területeken játszik kulcsszerepet:
- Bonyolult szénhidrátok lebontása
- Vitaminok és ásványi anyagok termelése
- Védelem a káros baktériumokkal szemben
- Az immunrendszer erősítése
- A toxinok eltávolítása

